目的：在细胞病理学免疫组化研究中，石蜡细胞块较普通细胞学涂片，离心后细胞学涂片及薄层细胞印片的结果可靠性更高，并且可以保留标本便于今后研究。但是传统的细胞石蜡包埋法需要较多的细胞样本，然后在临床上往往无法提供足量的样本进行包埋，包埋切片成功率仅为47.7％，很难达到满意的要求。故现在临床应用并不广泛。
目前培养组织细胞和脱落细胞涂片常用的HE染色、特殊染色以及免疫组化染色存在着许多缺点。培养细胞和脱落细胞具有完整的细胞膜，虽经95％乙醇或丙酮固定，其细胞膜上的类脂质常不能充分溶解，影响了染料和抗体的渗透，细胞往往着色不良，结构不够清晰，免疫组化染色常造成假阴性的结果，有时难以确定阳性或阴性和判断阳性着色的部位。虽可用TritonX-100进行前处理以增加细胞膜的通透性，但其浓度、时间等不易掌握。用福尔马林固定后经梯度乙醇脱水和二甲苯处理的细胞石蜡包埋切片，可避免上述缺点，并且细胞集中、密度高、便于观察，所有的细胞都可被收集起来，提高了细胞的阳性检测率。
制作石蜡切片，切片前须将石蜡渗透组织包埋于石蜡中，而水与石蜡又是不相混合的，所以在浸蜡，包埋前必须将组织内所含的水分脱去。而大多数的组织固定剂是水溶液，随后的水冲洗也使其含有大量水分，因此必须先行脱水，一般是浸入逐级增加浓度的酒精来完成。由于酒精和石蜡不能混合，须再用一种石蜡的溶剂来置换酒精，因大多数石蜡溶剂有使组织的折光率增高并表现为透明或半透明状，所以此步骤又称透明。最后用石蜡浸渍组织并铸制成坚实的蜡块。
常规的石蜡包埋。过程包括五个基本步骤，即固定，脱水，透明，浸蜡和包埋，前一章中已述过固定。
包埋，就是将已经经过固定、脱水、透明、浸蜡的组织块从最后的蜡浴取出置入充满熔融石蜡的包埋框内，包埋成块，使组织和包埋剂相熔一体并迅速冷却，这个程序称为包埋。包埋剂凝固后，进一步加强了组织的硬度和韧度便于进行切片。
一、石蜡包埋法
石蜡包埋法是制作光学显微镜切片的常规方法，它有许多优点，操作简易便于掌握，可进行连续切片，包埋后的组织可以长期保存。
包埋的方法有自动包埋机包埋和手工包埋两种。手工包埋的步骤如下：
1、组织浸入石蜡后，包埋前将组织移入包埋用石蜡杯内。从恒温箱取出置于三角架上，其下点燃酒精灯，以保持石蜡的溶解状态。
2、准备好包埋框，将包埋用的镊子在酒精灯上加温（防止镊子粘蜡）后，左手持蜡杯，右手把加温的镊子放在蜡口（直立状）倒蜡时让石蜡沿镊子注入包埋框内。
3、迅速镊取组织块放入包埋框石蜡内，切面朝下放正置入框底并轻轻压平，以保证不再有气泡。
4、待石蜡表面凝固前将标签贴于其上，需注意勿使标签与标本混淆，当蜡块冷至蜡面有一层透明蜡膜时，浸入冷水中迅速使其冷却，否则蜡内常形成结晶。
5、蜡块完全硬固后除去铜框，以保证蜡彻底凝固，立即修切，准备制成切片或储藏备用。
二、石蜡包埋的注意事项
1、作为包埋组织使用的石蜡不仅由于气候的不同需要加以选择，而且与组织的硬度也有密切关系，过硬的组织最好用硬度较高的石蜡包埋，反之，软组织则应以硬度较低的石蜡包埋。其熔点一般要求再60℃左右。
2、包埋用石蜡加温不可过高，以保持其不凝固为度，温度过高容易将组织烫坏，使得组织变硬、变脆、并发生卷曲、收缩变形，不利于切片，甚至影响诊断。另外注意埋蜡的温度和组织本身的温度，两者是否合适，温度不一致常可造成组织与周围石蜡脱裂的现象，而达不到包埋的作用。
3、包埋用石蜡应掌握用量，以组织全部包埋完毕，石蜡也恰好用完为宜。
4、包埋应注意组织病变面放在下面，并尽可能使组织放平，在不损伤组织的情况下可用镊子轻压。
5、囊壁和消化道等组织包埋时更应注意组织方位，应将组织块直立拉平，不要卷曲。
6、相同组织如包埋于一个蜡块时，除包平外，还要注意方向的一致，以利切片。
7、多块组织和碎组织包埋于一个蜡块内时，组织的排列一定要密挤靠拢，以求成直线或方块行，这样有利于切片。
8、石蜡包埋后，不宜冷凝过慢，特别是室温较高时，石蜡凝固后应立即投入冷水中加速冷却可增加石蜡密度，韧性和硬度。但冷凝过速也会因为内外温差过大造成蜡块裂损。
三、石蜡包埋程序
1、组织取材2毫米厚度，固定于福尔马林数小时后再换以新鲜福尔马林固定数小时。
2、组织流水冲洗6－12小时。
3、70％酒精2－4小时。
4、85％酒精2－4小时。
5、95％酒精（Ⅰ）2－4小时。
6、95％酒精（Ⅱ）2－4小时。
7、100％酒精（Ⅰ）2－4小时。
8、100％酒精（Ⅱ）2小时。
9、二甲苯（Ⅰ）0.5－1小时。
10、二甲苯（Ⅱ）0.5小时。
11、浸蜡（Ⅰ）2小时。
12、浸蜡（Ⅱ）2小时。
13、组织包埋。
在实际操作中，各级酒精脱水的时间可以因组织的大小，多少而减少或延长，如要在酒精中过夜最好是在低浓度酒精中浸泡，透明过程一定适当掌握，不要时间过长。更换脱水酒精，如从节约的角度考虑，可将各级酒精逐级下降使用，如无水酒精可降为95％酒精在继续使用。应考虑到组织在酒精中脱水过程里，除去组织中的水分混入酒精，使其浓度降低外，组织中的一些可溶物质，如脂类也可被酒精溶解，酒精中含有一定这样的物质时，将会降低脱水功效，因此，最好是更换酒精。
组织脱水，透明彻底后，浸蜡过程在必要时候可以延长，例如，在石蜡中过夜，但温箱一定要恒温，以免组织块受高温影响，造成组织过度硬化。
四、快速石蜡包埋法
快速切片诊断是在数十分钟或半小时左右制成切片并作出诊断的一种手段，主要用于手术中决定手术的切除范围和手术方式。快速切片的方法包括冰冻切片和快速石蜡切片。
制作快速石蜡切片时，切取组织应该薄小，从固定、脱水到浸蜡的全过程都要加温，一般是先将各种试剂在超声波快速石蜡脱水仪中预热，恒温下操作，整个过程大约在10－15分钟即可完成。
操作过程：
1、先取病变组织于AAF中固定3－5分钟。
2、95％酒精1分钟。
3、无水酒精1分钟。
4、正丁醇1/3丙酮2/3混合液1分钟。
5、二甲苯1分钟。
6、浸蜡1－2分钟。
7、包埋，将组织置于预先备置的蜡块中（固体石蜡包埋法）；预备一硬蜡块，用热镊子于蜡块中间熔蜡一小部分，在以热镊子从蜡杯内取出已与石蜡饱和之组织块投入融蜡中，冷固后，立即进行石蜡切片。石蜡切片附贴后，在火上稍加烘烤使组织切片上石蜡全部熔化，水分也被烘干，然后投入二甲苯，100％酒精，95％酒精各30秒脱蜡，入水冲洗，常规苏木素，伊红染色。